Повторюсь, Вам надо было начать тему с указания типа используемой АКБ.
Тогда можно было бы яснее представить алгоритм заряда-разряда используемый в вашем КПК.
А алгоритм интересный, в начале темы написано "...КПК не работает с АКБ другой емкости..."
Если это так, то каким то образом должна определяться емкость АКБ.
Могу предположить, что в этом процессе участвовал счетчик времени заряда, который и был отключен.
Если это так, то контроль заряда по уровню напряжения АКБ остался.
Тип акб - литий полимер.
Я не слишком точно выразился - КПК работает абсолютно со всеми аккумами, хоть 24 тыщи махов туда воткнуть, и заряжает он любой аккум полностью, НО работает он со всеми аккумуляторами примерно одинаковое количество времени. То есть юзер по умолчанию не заметит, что в его КПК поставлен расширенный акб, поскольку будет он работать те же +/- 3,5 часа времени, что на стандартном.
Это нам наглядно демонстрирует график с сайта производителя феньки из стартового поста.
Где PGF - это расширенный акб без модификации платы КПК, а PGF + Hyperdrive - после установки схемы из стартового поста.
Как мы видим, если просто поставить расширенный акб, то время автономной работы не сильно поменяется, зато кпк будет больше лежать в режиме ожидания (красная часть графика). А вот после установки феньки показатели приходят в норму.